新農合報銷監管系統是為新型農村合作醫療提供多面、科學解決方案的綜合管理信息平臺，包括對新農合業務生產的數據進行采集、儲存、處理、提取、匯總、分析等。其功能不僅覆蓋新型農村合作醫療業務工作，而且對新農合業務數據進行實時監管、監控和決策分析，為新農合的費用預測、基金收繳、支付補償、財務管理和監督審計等工作進行標準化、規范化管理。